13 Bom di Jakarta berpusat pada organisasi teroris yang dipimpin oleh Ibrahim Gani (diperankan oleh Rio Dewanto) yang berusaha menghancurkan sistem keuangan Indonesia yang dianggap korup, dengan berbagai penipuan keuangan yang merugikan banyak masyarakat. Sementara polisi dan lembaga otoritas keuangan terkesan membiarkan korban jatuhan, Gani yang menggunakan alias Arok mengancam akan meledak 13 bom di Jakarta, dimulai dari bursa efek.